في عام 1999، ذهب مجتبی إلى قم، وهي مدينة مقدسة تعتبر مركزاً مهماً لعلم الشيعة، لمواصلة دراسته الدينية. ومن الجدير بالذكر أنه لم يرتدِ الملابس الكهنوتية حتى هذا الوقت، وليس من الواضح لماذا قرر الالتحاق بمعهد ديني في سن الثلاثين، حيث أنه من المعتاد القيام بذلك في سنوات الشباب.
